Tuskin mikään muu suojeluohjelma on puhuttanut ihmisiä niin paljon kuin EU:n yhteinen Natura 2000- suojeluohjelma. Ohjelman tarkoituksena on suojella eurooppalaista luontoa kokonaisvaltaisesti siellä missä luonnon kannalta kestävä suojelu on vielä mahdollista. Osa Säkylänharjusta ja myös Virttaankankaasta on katsottu niin luonnoltaan niin arvokkaaksi että Natura- suojeluohjelman vaatimukset täyttyvät. Säkylänharjun Natura-alue sijoittuu neljän kunnan alueelle ja sen pinta-ala on 1311 ha. Lähes koko Natura-alueen suojelu on tarkoitus toteuttaa luonnonsuojelulailla ja valtaosa alueesta on jo nyt valtion omistamaa puolustusvoimien harjoitusaluetta. Säkylänharjun Natura-alue on mukana suojeluohjelmassa nimenomaan edustavien luontotyyppiensä perusteella. 90 prosenttia koko alueesta kuuluu harjumetsien metsäisiin luontotyyppeihin ja loput Natura-alueesta ovat lähteitä, lähdesoita tai järviä.
Palokärki koiras pesällä
Valtaosa Natura-alueesta sijoittuu Säkylänharjun alueelle ja Virttaankankaasta siihen kuuluu vain melko kapea pohjoisosa. Koko alue on osaksi suomaisemaan liittyvää harjutasanteiden reunustamaa, suurta jyrkkärinteistä selännettä, joka kuuluu saumamuodostuman tapaiseen, lähes kaakko-luode-suuntaiseen harjujaksoon. Suurimmat lakikorkeudet ovat 145 metriä merenpinnan yläpuolella. Harjualueen reunoilla on lähteikköjä ja pääalueesta hieman erillään on alueen ainoa järvi, Kankaanjärvi, joka sijaitsee harjukuopassa eli supassa. Säkylänharjun ydinosan muodostaa paikoin varsin kapealakinen ja jyrkkärinteinen, keskeisiltä osiltaan suurten harjuhautojen ja -kuoppien reunustama selänne. Selänteen molemmilla sivuilla olevia laajoja lieveosia luonnehtivat lukuisat edustavat rantavallikentät ja dyynit.