Tuskin mikään muu suojeluohjelma on puhuttanut ihmisiä niin paljon kuin EU:n yhteinen Natura 2000 -suojeluohjelma. Ohjelman tarkoituksena on suojella eurooppalaista luontoa kokonaisvaltaisesti siellä missä luonnon kannalta kestävä suojelu on vielä mahdollista. Osa Säkylänharjusta ja myös Virttaankankaasta on katsottu luonnoltaan niin arvokkaaksi että Natura-suojeluohjelman vaatimukset täyttyvät. Säkylänharjun Natura-alue sijoittuu neljän kunnan alueelle ja sen pinta-ala on 1311 ha.
Lähes koko Natura-alueen suojelu on tarkoitus toteuttaa luonnonsuojelulailla ja valtaosa alueesta on jo nyt valtion omistamaa puolustusvoimien harjoitusaluetta. Säkylänharjun Natura-alue on mukana suojeluohjelmassa nimenomaan edustavien luontotyyppiensä perusteella. 90 % koko alueesta kuuluu harjumetsien metsäisiin luontotyyppeihin ja loput Natura-alueesta ovat lähteitä, lähdesoita tai järviä.
Valtaosa Natura-alueesta sijoittuu Säkylänharjun alueelle ja Virttaankankaasta siihen kuuluu vain melko kapea pohjoisosa. Koko alue on osaksi suomaisemaan liittyvää harjutasanteiden reunustamaa, suurta jyrkkärinteistä selännettä, joka kuuluu saumamuodostuman tapaiseen, lähes kaakko-luode-suuntaiseen harjujaksoon. Suurimmat lakikorkeudet ovat 145 metriä merenpinnan yläpuolella.
Harjualueen reunoilla on lähteikköjä ja pääalueesta hieman erillään on alueen ainoa järvi, Kankaanjärvi, joka sijaitsee harjukuopassa eli supassa. Säkylänharjun ydinosan muodostaa paikoin varsin kapealakinen ja jyrkkärinteinen, keskeisiltä osiltaan suurten harjuhautojen ja -kuoppien reunustama selänne. Selänteen molemmilla sivuilla olevia laajoja lieveosia luonnehtivat lukuisat edustavat rantavallikentät ja dyynit.
Jääkauden synnyttämät harjut ja niihin liittyvät geologiset muodostumat ovat kansainvälisesti arvokkaita suomalaisia luonnonnähtävyyksiä. Ne ovat myös aktiivisen ihmistoiminnan alueita.
Harjureitin Porsaanharju – Myllylähde – Toimintaloma reittiosuus, noin 9 kilometriä, on varustettu harjuluonnon havaintotauluilla.
Tauluissa on esitelty sekä tyypillisiä harjun luontoon liittyviä asioita että alueen harvinaisuuksia. Pönttöpuistoon ja lintutupaan on koottu harjun linnuston esittelyä ja Myllylähteen pitkospuiden sekä polun varren luonnontilaisen lähteen tyypillistä kasvustoa ja sen harvinaisuuksia.